Beim Erwerb und in den ersten Jahren danach fallen für die Inhaber von Schiffsbeteiligungen in der Regel so genannte negative steuerliche Einkünfte an, die den früheren Verlustzuweisungen entsprechen. Sie können in aller Regel mit Gewinnen aus anderen Einkunftsarten verrechnet werden. Bei besonders hohen Verlustzuweisungen von über 50 Prozent des eingezahlten Kapitals besteht allerdings die Gefahr, dass die Finanzbehörden die Beträge bei einer späteren Betriebsprüfung nicht anerkennen.
Nahezu steuerfreie Erträge: Während der Laufzeit einer Beteiligung sind die Ausschüttungen in der Regel weit gehend steuerfrei. Dieser Vorteil ergibt sich durch eine 1999 eingeführte Art der Gewinnbesteuerung bei Schiffen, die so genannte Tonnagesteuer. Entscheiden sich die Eigner eines Schiffs für die Tonnagesteuer, wird statt der tatsächlichen Erträge die Tragfähigkeit des Frachters für die Besteuerung zu Grunde gelegt. Die jährliche Steuer bleibt über die gesamte Laufzeit hinweg konstant und liegt, umgerechnet auf die Anleger, lediglich bei wenigen hundert Mark pro Kopf. Der Nachteil: Sollte der Frachter Verluste einfahren, können die Anleger sie steuerlich nicht geltend machen. Um die Anfangsverluste in Form negativer Einkünfte für die Investoren nutzen zu können, melden die Emissionshäuser ihre Schiffe erst einige Jahre nach der Platzierung zur Tonnagebesteuerung an.
Sonderregelung beim Verkauf: Im Tonnagesteuersystem wird bei Verkauf des Schiffes nicht der tatsächliche Erlös besteuert. Stattdessen legt der Fiskus einen fiktiven Wert zu Grunde, der sich aus der Differenz von Markt- und Buchwert des Schiffes zum Zeitpunkt des Wechsels in das Tonnagesteuersystem ergibt.
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